組織切片是病理學診斷上常用的方法，包含有很多不同的包埋及切片方法，配上各種原理不同的染色法，來進行各式各樣的組織病理分析。

1.      石蠟組織切片（Paraffin section）：為最常規的組織型態學（morphology）診斷的標準切片模式。將組織取下用福馬林(Formalin)固定後經儀器處理（脫水、澄清、浸潤、浸蠟）完成脫水程序進行切片，把組織切成薄片（約3-5um），再經由染色、封片，即完成病理組織切片。

優點：組織及細胞結構完整清晰，適用於多種染色方法。

缺點：脂質或部分蛋白質在脫水處理及福馬林固定過程會被破壞，且骨頭和牙組織須先進行脫鈣處理。

2.      冷凍組織切片（Frozen section）：在零下20度進行組織切片。與一般組織切片不同的地方是，進行冷凍切片的組織為新鮮取下，不經固定。開刀房手術醫師將組織取下後，立刻送操作儀器進行切片，以及染色、封片。其時間過程約為30分鐘左右。此項特別業務僅由開刀房手術醫師在懷疑病人是否為癌症或特殊疾病才進行。

優點：快速，可作為醫院手術房中最快檢驗。細胞抗原性、酵素活性、脂質保存完整。

缺點：冷凍冰晶造成組織型態嚴重受損，無法用於詳細的型態學診斷。無法使用石蠟包埋處理之免疫組織化學染色（immunohistochemistry,IHC）或化學染色(histochemistry)。

3.      塑膠切片（plastic section）:用於骨、牙、植入性醫材等明顯比石蠟更硬的組織。塑膠包埋切片常用包埋劑有甲基丙烯酸甲酯 (methyl methacrylate, MMA)、水溶性甲基丙烯酸酯 (glycolmethacrylate, GMA)、乙烯基丙烯酸酯 (ethylene vinyl acetate, EVA)、環氧樹脂 (epoxy resin) 或聚乙二醇 (polyethylene glycol, PEG) 等。其中MMA 因以下幾項特點而成為目前較為主要的包埋方法：

- 較佳的組織滲透性：未硬固的MMA包埋試劑在室溫下具有良好的流動性及滲透性，能較理想的完整浸潤組織，使組織中不至於有過多空隙存在。且MMA 不需要高溫或極低溫環境下進行硬固，也因此減少對組織蛋白質的破壞。

- 高透明度：使組織在製成包埋塊後，仍然可以很好的被觀察。

- 足夠的硬度及彈性：相較於GMA或PEG等高彈性但硬度較低的介質，MMA 的彈性及硬度較為適中，且能根據操作人員的需要對硬化程度進行適當的調整，此項特性使MMA能應用於大部份的硬組織切片及植入性醫材。

- 良好保存組織的生化特性及結構：透過 MMA 包埋，因不需經過脫鈣處理，組織的 pH 值及蛋白質特性能較好的被保存。

缺點：製作困難且費時，部分化學染色及IHC可能表現不佳，且表現形態較差，部分細胞細節難以觀察。