【Product Insights Series-Visium HD Spatial Gene Expression】

Date: 2024-7-26

10x Genomics的Visium HD是目前最新的空間轉錄組學解決方案,旨在更詳細地了解組織切片中的基因表現。相較於Visium 玻片解析度(100 um,約10個細胞),Visium HD玻片為8um,已達到單一細胞的解析度。它將illumina高通量測序技術與高解析度成像結合在一起,為研究人員提供了在單細胞水平上進行空間轉錄組分析的能力,透過提供空間維度的基因表現數據,揭示了組織內基因調控和細胞間相互作用的新視角。大致上步驟如下:

首先將新鮮冷凍的組織切片或FFPE樣本固定在Visium HD載玻片上,對組織切片進行染色和高解析度成像,以獲取詳細的組織結構信息。將組織切片進行裂解和逆轉錄,將細胞內之RNA逆轉路程cDNA後建庫並進行高通量測序。最後使用10x Genomics提供的軟體工具,結合成像之數據和測序數據,生成空間基因表現圖譜。

Visium HD的單一細胞解析度可以應用在許多臨床領域中,諸如在腫瘤樣本中可以幫助識別微環境中的不同細胞類型及其基因表現特徵,從而推動癌症研究和治療;在胚胎和發育中研究細胞分化與組織型態形成;亦或是研究免疫細胞在組織中的分佈和功能,有助於理解免疫反應和疾病過程。

以下幫大家整理Visium HD的關鍵特點

  1. 高解析度:Visium HD提供了單一細胞解析度的基因表現圖譜,可以在組織切片的單細胞水平上進行精細的基因表現分析。
  2. 空間資訊:通過將基因表現數據與組織切片的空間位置信息結合,研究人員可以確定特定基因在組織中的確切位置。
  3. 全面覆蓋:Visium HD可以分析整個組織切片,從而提供全面的空間轉錄組學數據。
  4. 多樣性應用:適用於各種組織類型,包括人類與小鼠的樣本。
  5. 數據整合:可以與其他單細胞RNA測序數據結合使用,提供更全面的基因表現和細胞相互作用的視圖。

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