福馬林固定石蠟包埋 (formalin fixed paraffin embedded, FFPE) 組織是目前最為廣泛採用保存病理樣本的方法，可以達到長期穩定保存的效果。

而要從FFPE組織中萃取核酸，首先要脫蠟，傳統上是使用二甲苯 (Xylene)，之後再以不同濃度的甲醇逐步去除剩餘二甲苯，再加入proteinase K降解樣本當中的蛋白以及核酸酶，來獲取完整且具高質量的核酸。脫蠟步驟尤為重要，若未使石蠟完全去除，會導致後續Proteinase K反應不完全。

由於福馬林固定的方式會使核酸與蛋白質有cross-linking的情況，會以高溫(60~90度C)處理，使核酸完全釋放出來，後續再透過矽濾膜或磁珠等方式純化核酸。若要萃取DNA則加入RNase去除RNA；若萃取RNA則加入DNase去除DNA。

隨著技術進步，現在醫學研究中心或醫院等機構都以自動化機器來進行提取FFPE DNA及RNA，可以快速且有效率地獲取所需的檢體資訊。從FFPE中獲取的DNA及RNA可用於提供精準醫療分子診斷，例如:癌症基因檢驗及微衛星不穩定性 (microsatellite instability，MSI)等，進而提高醫療成功性。另一方面，也可以了解生物相關的分子機制，促進醫學研究發展。