16S metagenome目前常用來進行環境微生物族群分析的方法，藉由微生物體內的高度保留16S rRNA基因的序列來進行研究，以便能夠以宏觀的角度進行探討，研究環境中菌相的變化。近年來由於三代定序儀的現世，定序全長的16S rRNA基因日漸盛行(圖一)，相較於之前的特定區域的方法，此定序全長序列可以直接進行物種比對，鑑定的解析度也相較提高許多。 

為了鑑定不同的微生物，16S的定序資料將會針對已知的微生物資料庫 (Ex: Sliva及NCBI等) 進行比對，透過比對到的資料庫訊息，進行界、門、綱、目、科、屬及種等不同層次的分類學分析。如此將鑑別出來的物種進行比較，進而找出其組別之間存在的差異性，以了解其對環境的影響。在分析微生物群體時，通常以Alpha (圖二)及Beta(圖三)多樣性兩指標進行探討。

Alpha多樣性主要顯示樣本內的多樣性，其影響主要跟兩個因素有關：一是種類數目，即豐富度；二是多樣性，群落中個體分配上的均勻性。如果圖中的線條在沿X軸的某個採樣深度處看起來平坦，這表明收集超過該採樣深度的附加序列已經不太可能觀測到新的物種。

Beta多樣性主要顯示樣本間的多樣性，其影響主要是指個體之間物種有無和差異性，透過研究數據的相似性或差異性來進行可視化顯示，而圖中兩點之間距離越近表明兩者的群落構成差異越小。