在介紹過細菌WGS是如何進行的之後，今天來告訴大家實驗完成後得到的數據後續要如何處理呢？

• 沒有參考序列(reference genome)時會使用De-novo assembly方法
• 有參考序列會使用Reference Mapping方法

1. De-novo assembly組裝

在沒有參考序列的情況下，僅使用測序的序列片段的資訊來組裝的方法。

利用將reads的末端序列相同的區域連結合併起來，形成contig

希望最後可以得到一條還原後的完整基因組序列(genome)；

但是有些情況會使組裝遭遇困難，例如：定序錯誤、核酸多型性、定序偏差(sequencing bias)…….

這時候可以解決的方法為：

• 加深定序深度
• 組裝前先依據序列的品質分數(quality score)進行裁切(trim)
• 使用PCR free的方法製備樣品

2. Reference mapping

在有參考序列的情況下，將測序片段比對(mapping)至參考序列上，以取得分析結果。

Reference mapping的方式通常較為快速且對計算的要求較低，

對於參考序列的資料庫選擇非常重要，

分析結果的品質通常透過3個量化指標來評估：

• Mapping rate: Mapped reads/Total reads
• Genome coverage: Mapped genome/Total genome
• Depth: 平均深度及單鹼基的深度分布

近年來隨著NGS技術持續提升和生物資訊分析技術不斷進步，加上定序成本的降低，

細菌WGS在流行病學及公衛領域的使用逐漸廣泛，

如：抗藥性基因檢測、菌株基因分型、聚集事件調查、藥物疫苗開發…等

另外，在食品微生物的檢測方面，隨著大量微生物定序資料的快速累積，

能夠更有效率去追溯食品汙染源及傳播途徑，

甚至能藉此改善食品的製造或運輸程序以增進食品品質與安全，

NGS在疾病預防控制與民生食安上已成為不可或缺的工具了！