目前單細胞RNA測序技術 (scRNA-seq) 已在全球廣泛應用,但是基於微流體技術的scRNA-seq通常需要專門且昂貴的微流體儀器,因此許多實驗室仍裹足不前。
2023年3月,Adam Abate及團隊在Nature Biotechnology發表了一篇文章 : Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification,其嘗試了一種新型的單細胞RNA測序方式稱作Particle-templated instant partition sequencing (PIP-seq),並在研究癌症亞群對化療的異質性反應中得到有價值的結果。
PIP-seq特點在於不需使用專門的微流體裝置,可降低實驗成本和複雜性。它利用顆粒乳化技術,只需vortexer就可以實現對單顆細胞的封裝 (圖a),接續cDNA barcoding,擴增後進行Illumina平台測序(圖c、d)。另外PIP-seq乳化液可在0 ℃保存數天,且不影響數據品質,因此樣品可以稍作存放以利實驗排程。
由Fluent Biosciences公司研發的PIPseq T2,T20及T100 3’ Single Cell RNA Kit 每次反應分別可執行 2,000 / 20,000 / 100,000 個單細胞或細胞核,以滿足不同的實驗需求。而最近發佈的v4.0版本跟v3.0比起來,能夠實現更高的細胞捕獲率、顯著提升靈敏度和更有效率的測序。
PIP-seq基於顆粒乳化的方法顯著提高了單細胞測序的通量,最高能達到百萬量級的單細胞測序,且突破了液滴生成微流體裝置的限制,無需任何晶片,顯著降低了單細胞測序成本,未來可以有效應用於學術研究及臨床實驗中。
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