在分析Ribo-seq的資料時，通常會針對P-site進行重點分析。

P-site (peptidyl)是位於ribosome中tRNA的第二個結合位。在蛋白質轉譯過程中，P-site是指保留了胺基酸連接tRNA的位置。當到達終止密碼子時，位於P-site的tRNA的胺基酸-tRNA鍵被裂解，釋放出新合成的蛋白質。P-site offset為P-site至端點的位置，分為5’ P-site及3’ P-site offset (圖一)。

而為了能夠宏觀的來檢驗此實驗的轉譯是否受到影響，便可使用riboWaltz進行分析繪製MetaHeatmap圖來判斷 (圖二、三)。通常位於5’ end (主要以5’ P-site offset為主) 的前端及3’ end(主要以3’ P-site offset為主) 的後端的reads比較多。

針對P-site的位置 (5’UTR、3’UTR及CDS)進行統計 (圖四)，圖中RNAs為Reference的期望值比例，通常CDS的比例為最大。

針對CDS的P-site進一步整理，按照不同蛋白質Translation的frame進行統計 (圖五)，正常情況下位於CDS的0 frame比例是最高的。還可以針對不同胺基酸密碼子的進行統計，找出比例最高的胺基酸密碼子 (圖六)。最後透過這樣分析結果來判斷不同樣本之間的轉譯是否受到影響。