10x Immune Profiling除了可以分析單細胞的免疫庫(Immune repertoire)及5’端轉錄組 (transcriptome)外，還能夠搭配Feature Barcode technology偵測細胞表面蛋白 (cell surface protein)。以帶有Feature Barcode oligonucleotide的抗體或MHC-Dextramer處理細胞，與細胞表面蛋白進行結合後，即可接著將細胞樣本進行油滴包埋及GEM生成反應。 

在GEM中，poly-dT與mRNA的poly(A)結合以合成cDNA，並且被Gel Beads上的互補序列所捕捉；同時在細胞表面蛋白抗體上的Feature Barcode oligonucleotide也會被Gel Beads上的TSO序列抓取，並進行extension合成完整的雙股DNA。接著GEM裂解後，所有cDNA及DNA經過PCR擴增放大後，即可針對想要分析的部分各別進行建庫及上機：

1.      5’端轉錄組 (transcriptome)基因表現庫

2.      T-cell receptor (TCR)的V(D)J序列全長免疫庫

3.      B-cell immunoglobulin (Ig)的V(D)J序列全長免疫庫

4.      從cell surface protein Feature Barcode所建的cell surface protein表現庫

由於V(D)J序列是利用靠近3’端的C區 (Constant region)上的引子來進行擴增放大及建庫，所以目前10x Immune Profiling使用的物種只限於人類及小鼠細胞。目前經過驗證可以使用的細胞種類則有PBMC (Peripheral Blood Mononuclear Cell)、初級培養或細胞株的B細胞/T細胞、脾細胞 (splenocytes)或是癌組織細胞等。Immune Profiling除了用於探討免疫庫的圖譜外，可以應用於發現新型態的細胞及功能，另外還可以用於找尋生物標誌 (Biomaker)，為免疫學提供了完整的解決方案。