【Experimental Techniques Series-Principles of 10X Immune Profiling】

Date: 2023-12-29

單細胞免疫分析 (Immune Profiling)是分析B-cell receptor (BCR)及T-cell receptor (TCR)上負責辨識並特異結合抗原的免疫蛋白序列。BCR免疫膜蛋白是由兩條重肽鏈(heavy chain)和兩條輕肽鏈 (light chain)組成。TCR分子屬於免疫球蛋白超家族 (immunoglobulin superfamily),由α、β兩條肽鏈組成。BCR/TCR的肽鏈編碼由4個基因簇 (Gene cluster):V (可變區)、D(高變異區)、J(編碼蛋白連接V、C區的結合區)、C(恆定區)。透過V可變區重組產生多樣化序列組合,製造出多種BCR、TCR、抗體等以辨認外來抗原。

Immune Profiling定序時一般會同時定V(D)J區段的全長序列及5’端轉錄組。

  1. B細胞或T細胞裡,V(D)J區段是在mRNA 的5'端,所以和Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI所在的核酸序列抓著的是mRNA的5'端,以便捕捉全長的V(D)J序列
  2. GEMs的生成,每個GEM含有Gel Beads、單一細胞、酵素的混合物,在每一個單獨的GEM裡,除了Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI的核酸序列,還有游離的poly-dT作為引子來結合RNA 3'端poly(A)尾端來擴增得到全長cDNA
  3. GEM裂解後,所有細胞cDNA混在一起進行擴增,獲得每個細胞表達譜和V(D)J全長序列。來自同一細胞的VDJ library序列和轉錄組序列有相同的細胞Barcode,這樣每個細胞轉錄組資料可以對應該細胞的V(D)J訊息

透過單細胞免疫分析,除了分析完整的免疫組庫之外,還可以研究 T 細胞和 B 細胞的基因表達,從而深入了解單細胞層級的免疫系統。

Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing Service


1. Nanopore and Illumina offer a complete range of sequencing platforms for long and short sequences.
2. An excellent choice for high efficiency and quality.
3. Professional sample quality control processes and library preparation.
4. Professional bioinformatics analysis and service consultation.