在合成Oligo的過程中，會產生合成失敗的短片段副產物，需要再進行純化；純化後的Oligo可以透過品質控管來確保其品質與濃度，而方式有以下幾種：

1.       膠體電泳

利用寡核苷酸(oligo nucleotide)中的磷酸根帶負電的特性，於電場受力穿過膠體，向正極移動。因不同分子量的寡核苷酸在膠體孔徑中的泳動速率有所差異，藉此可將不同大小的寡核苷酸片段分離。依據寡核苷酸片段大小，最適合使用聚丙烯醯胺膠體電泳通稱為PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis)來進行分析。 

2.       HPLC

HPLC是高效能液相層析法 (High Performance Liquid Chromatography)的簡稱。液相層析利用移動相 (mobile phase)和固定相 (stationary phase)的交互作用，當混合物進入系統內時，不同成分的特性將決定物質在層析管柱內流動的快慢，再利用各成分移動速率之不同來分離。偵測器可測量從管柱洗脫出的分析物，再轉譯成信號。

3.       GC-MS

層析法中如將氣體作為移動相則稱為氣相層析法 (Gas Chromatography; GC)，主要針對具揮發性的分析物。氣相層析質譜法 (GC-MS)是一種結合氣相層析和質譜法的特性，用以鑒別混合物中不同成分的方法。將樣品蒸發至氣相，並由惰性氣體運載驅動，使化合物根據其不同的極性與沸點，在管柱中於不同時間解析出來。 

4.       MALDI-TOF MS

MALDI 是「基質輔助雷射脫附游離」的縮寫，將樣品與大量基質混合後以紫外光照射，使部份基質與樣品汽化。TOF MS 是飛行時間質譜分析 (Time of Flight Mass Spectrometry)的縮寫，帶更多電荷的離子，會更快移動通過漂移空間，直到到達偵測器為止。

Oligo的品質控管能夠汰除掉合成失敗的產物，進而提升純度，以此達到提升品質的目的。同時上述方法中的電泳和HPLC也能作為純化分離Oligo的方法，而GC-MS和TOF MS則作為分析使用，確認品質好壞。