Single Cell Gene Expression Flex先利用Fixation buffer固定細胞並保留其樣本的表現型態,後續再進行偵測基因表現的探針(probe)組合反應,透過高通量的10X Chromium平台將樣本細胞包裹並區分、建庫、定序上機後,就可以分析單細胞RNA表現的數據。
以下列幾點做進一步說明:
1. Flex固定後的樣本可先保存在-80℃ (可保存1到3個月),無須馬上操作上機。對於需要不同時間點收樣的樣本 (比如:腫瘤樣本),可以降低不同時間點樣本處理的批次差異,把樣本鎖定於當下的表現,不再受到需要立即上機的時間限制。
2. Flex運用探針捕獲原理,先針對特定基因序列設計probe,進行捕獲。大部分的基因設計1到3組的probe,確保最大程度覆蓋。而探針套組上包含特異性探針識別條碼 (probe barcode),最多支援16個樣品集中在一個反應上機,能夠提升樣品上機的細胞數並降低實驗成本。
3. 探針雜交 (Probe hybridization)後,將含有不同探針條碼 (probe barcodes)、抗體多重條碼 (Antibody Multiplexing Barcodes)合併並洗掉未結合的探針,之後將帶有條碼的凝膠珠 (Gel Beads)、細胞的混合液以及油,分配到Chromium Next GEM Chip Q上。GEM生成後,Gel Beads溶解,釋放帶有條碼的Gel Bead primers (包含部分TruSeq Read 1 序列、16 nt 10x GEM 條碼、12 nt特有分子標識符 (UMI) 和部分 Capture Sequence 1),另一方面微流體分配的細胞也都會被裂解。Gel Bead primers與連接探針對上的捕獲序列雜交,並透過聚合酶延伸以添加 UMI、10x GEM 條碼和部分 Read 1T。
4. 最後,雜交混合物再進行PCR放大、及Library文庫製備、上機的程序。
欲知關於10X Gene Expression Flex數據分析的內容,
請見下回分曉~~
Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing Service
1. Nanopore and Illumina offer a complete range of sequencing platforms for long and short sequences.
2. An excellent choice for high efficiency and quality.
3. Professional sample quality control processes and library preparation.
4. Professional bioinformatics analysis and service consultation.