【NGS Introduction Series-Introduction of 10X flex】

Date: 2023-12-8

Single Cell Gene Expression Flex先利用Fixation buffer固定細胞並保留其樣本的表現型態,後續再進行偵測基因表現的探針(probe)組合反應,透過高通量的10X Chromium平台將樣本細胞包裹並區分、建庫、定序上機後,就可以分析單細胞RNA表現的數據。

以下列幾點做進一步說明:

1.      Flex固定後的樣本可先保存在-80℃ (可保存1到3個月),無須馬上操作上機。對於需要不同時間點收樣的樣本 (比如:腫瘤樣本),可以降低不同時間點樣本處理的批次差異,把樣本鎖定於當下的表現,不再受到需要立即上機的時間限制。

2.      Flex運用探針捕獲原理,先針對特定基因序列設計probe,進行捕獲。大部分的基因設計1到3組的probe,確保最大程度覆蓋。而探針套組上包含特異性探針識別條碼 (probe barcode),最多支援16個樣品集中在一個反應上機,能夠提升樣品上機的細胞數並降低實驗成本。

3.      探針雜交 (Probe hybridization)後,將含有不同探針條碼 (probe barcodes)、抗體多重條碼 (Antibody Multiplexing Barcodes)合併並洗掉未結合的探針,之後將帶有條碼的凝膠珠 (Gel Beads)、細胞的混合液以及油,分配到Chromium Next GEM Chip Q上。GEM生成後,Gel Beads溶解,釋放帶有條碼的Gel Bead primers (包含部分TruSeq Read 1 序列、16 nt 10x GEM 條碼、12 nt特有分子標識符 (UMI) 和部分 Capture Sequence 1),另一方面微流體分配的細胞也都會被裂解。Gel Bead primers與連接探針對上的捕獲序列雜交,並透過聚合酶延伸以添加 UMI、10x GEM 條碼和部分 Read 1T。

4.      最後,雜交混合物再進行PCR放大、及Library文庫製備、上機的程序。 

欲知關於10X Gene Expression Flex數據分析的內容,

請見下回分曉~~

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