Small RNA在細胞中為短片段 (約20~200bp)的non-coding RNA，主要包含miRNA (microRNA)、siRNA (small interfering RNA)、snoRNA (small nucleolar RNA)、piRNA (PIWI-interacting RNA)、tsRNA (tRNA-derived small RNA)等多種類型。Small RNA主要功能為調控特定基因的表現，在許多生物過程中扮演著重要的角色，其中包括胚胎發育、細胞的分化、生長及凋亡的過程。

NGS的高通量測序技術在small RNA的研究上是個強而有力的工具，不僅能夠鑑別已知的small RNA，還能發現新的未知small RNA，同時還能研究small RNA的表現量差異，並可以搭配RNA-seq的轉錄組 (transcriptome)測序表現量數據進行關聯性分析。

Small RNA seq可使用total RNA、small RNA或外泌體 (exosome)樣本來建構文庫，建庫的方式為RNA樣本的兩端先分別接上3’ Adapter及5’ Adapter後，進行反轉錄反應合成cDNA，接著利用PCR方式放大cDNA產物，最後針對預期的建庫產物片段大小進行切膠純化得到文庫樣本，即可利用Illumina系統平台完成NGS上機測序。

Small RNA主要是藉由誘導基因靜默 (gene silencing)來調控其他基因表現，參與基因後轉錄調控，除了在特定狀態下small RNA有所變化外，找出small RNA所調控的目標基因為small RNA seq研究的主要目的。Small RNA seq的研究最常應用於探討與疾病之間的關聯，例如糖尿病、癌症…等，找尋生物標記 (biomarker)，作為疾病及藥物治療預後的檢測指標。另外，small RNA seq可以用於未解序物種的研究，能夠用來預測及註解新的small RNA。因此，small RNA seq技術為探討small RNA功能及基因調控機制的最佳利器。

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