【Experimental Techniques Series-AHARIBO Translatome】

Date: 2023-10-6

AHARIBO是一款專門用於轉譯組 (translatome)分析的產品,利用 IMMAGINA 專有技術,稱為Ribo-MINATI微創非典型胺基酸標記(Minimally Invasive Non-canonical Amino acid Tagging),與搭配的磁珠(sBeads),可以有效分離活性多聚核醣體 (active polyribosomes) 、關聯性的RNA (associated RNAs) 和新合成的胜肽 (nascent peptides)。

具體來說,先將甲硫胺酸(Met)類似物 L-疊氮基丙胺酸(azidohomoalanine, AHA) 是一種胺基酸類似物,可以取代Met的角色,進行胜肽合成。帶有由疊氮部分組成的修飾(標記),於新合成的胜肽鏈上提供快速、靈敏、且無毒和非放射性的標記。

當細胞加入AHA與小分子轉譯抑制劑 (sBlock) 一起培養後,sBlock可阻斷核醣體上正在轉譯的胜肽,且可以穩定核醣體上帶有疊氮基團結合的胜肽鏈(AHA-labelled peptides)。將細胞裂解(lysed)後,此時AHA-labelled peptides被當作新合成胜肽標記,加入磁珠(sBeads)藉由點擊化學反應(click Chemistry)與AHA-labelled peptides進行化學相互作用結合後,形成磁珠與活性核醣體複合物(含核醣體、關聯RNA、新合成胜肽),先分離活性核醣體複合物,最後分離和純化與核醣體複合物中的關聯 RNA 和新合成的胜肽,並用於後續的實驗分析(qPCR, RNAseq, western blot, LC-MS)。 

相關應用研究將AHARIBO 用於人類和小鼠細胞,結果顯示它能夠透過AHA標記方法純化出轉譯進行中的核糖體、關聯RNA和新合成的胜肽,並用於轉錄組de novo proteome相關研究;檢測轉譯的長鏈非編碼RNA (Long non-coding RNAs,lncRNA) 或與核糖體相關的lncRNA的調控網路.

 

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