染色質免疫沉澱法(Chromatin immunoprecipitation,ChIP)也可以稱為結合位點分析法,是研究體內DNA與蛋白質相互作用的重要工具,可檢測目標蛋白與特異DNA片段的結合情況,由於真核生物基因組DNA是以染色質(chromatin)的形式存在,而染色質的組成為DNA與組蛋白(histones)。研究DNA與蛋白質相互作用可闡明真核生物基因表現的基本途徑,因此透過ChIP技術使研究者得以瞭解染色質及其相結合的調控因子間的相互作用,目前最常用於轉錄因子結合位點(Transcription factor binding site,TFBS)或組蛋白(histones)特異性修飾位點的研究。
而染色質免疫沉澱定序 (ChIP-Seq) 是將ChIP結合次世代定序 (Next Generation Sequence,NGS) 的技術,研究人員將取得的DNA片段進行高通量定序,獲得數百萬條序列並將其精確定位到基因組上,以檢測與組蛋白、轉錄因子等相互作用的DNA區段的生物訊息。
ChIP-Seq的基本原理是在活細胞或組織細胞核內固定蛋白質-DNA複合物,接著標記上對應於一個特定位置的生物抗體,之後將其隨機切斷為一定長度範圍內的染色質小片段,然後透過免疫學方法沉澱此複合體,並收集標的蛋白結合的DNA片段,對其進行後續純化與NGS文庫構建,得到高通量測序結果。近年來, ChIP-seq技術不斷的發展和改善,ChIP-seq技術已成為研究者研究基因調控、遺傳表現機制、以及癌症、心血管疾病等相關疾病不可或缺、且有效的工具。
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