染色質免疫沉澱法（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）也可以稱為結合位點分析法，是研究體內DNA與蛋白質相互作用的重要工具，可檢測目標蛋白與特異DNA片段的結合情況，由於真核生物基因組DNA是以染色質（chromatin）的形式存在，而染色質的組成為DNA與組蛋白（histones）。研究DNA與蛋白質相互作用可闡明真核生物基因表現的基本途徑，因此透過ChIP技術使研究者得以瞭解染色質及其相結合的調控因子間的相互作用，目前最常用於轉錄因子結合位點(Transcription factor binding site,TFBS)或組蛋白(histones)特異性修飾位點的研究。

而染色質免疫沉澱定序 (ChIP-Seq) 是將ChIP結合次世代定序 (Next Generation Sequence，NGS) 的技術，研究人員將取得的DNA片段進行高通量定序，獲得數百萬條序列並將其精確定位到基因組上，以檢測與組蛋白、轉錄因子等相互作用的DNA區段的生物訊息。 

ChIP-Seq的基本原理是在活細胞或組織細胞核內固定蛋白質-DNA複合物，接著標記上對應於一個特定位置的生物抗體，之後將其隨機切斷為一定長度範圍內的染色質小片段，然後透過免疫學方法沉澱此複合體，並收集標的蛋白結合的DNA片段，對其進行後續純化與NGS文庫構建，得到高通量測序結果。近年來， ChIP-seq技術不斷的發展和改善，ChIP-seq技術已成為研究者研究基因調控、遺傳表現機制、以及癌症、心血管疾病等相關疾病不可或缺、且有效的工具。 

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