• Desalt 脫鹽純化

又稱為Gel Filtration-Desalt 膠體脫鹽純化，利用小分子以及鹽類通過膠體(Polydextran, G-25)孔隙的時間較大分子長，使大分子引子先於小分子通過膠體集中在試管底部。

純化步驟簡單，但是引子合成過程中的副產物不易去除，適用於35mer以內的引子需求。

•  OPC 管柱純化

Oligonucleotide Purification Cartridge，透過親和性管柱交換的原理，保留於5'端的DMT保護基可專一性地吸附於OPC管柱上，而合成不完全的引子由於沒有DMT保護基，不易被OPC管柱吸附，從而達到脫鹽純化的目的並去除合成不完全的引子，將全長的引子收集於試管底部，合成的引子純度較Desalt純化高。

• HPLC純化

 High Performance Liquid Chromatography(高效能液相層析法)純化方法和OPC柱純化方法在原理上接近，也是利用5'端DMT保護基與其他合成不完全的引子在管柱上吸附能力不同達成分離純化的目的，然而由於採用HPLC儀器，其純化效果優於OPC柱純化。

• PAGE 切膠純化

PolyAcrylamide Gel Electrophoresis(聚丙烯醯胺凝膠電泳)，引子合成後經由電泳之電場作用以不同分子大小在凝膠中泳動速率之差異分離純化樣品，再切下目標產物引子膠體並純化。

由於同時利用靜電作用與分子篩效應，因此能精準得到目標片段引子，具有極高之分辨率，從凝膠中回收的引子純度很高，可適用於要求最高的實驗。雖PAGE純化方式步驟較繁瑣且費時但為純化效果最佳之方法。

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