【Experimental Techniques Series-RNA Extraction Techniques for Unique Samples: Exosome RNA】
外泌體(Exosome) 為細胞所分泌的脂質雙層膜小囊泡,屬於細胞外囊泡(Extracellular vesicles, EVs) 的一種,其大小約為30-100nm,囊泡內攜帶各種訊號因子,作為細胞間訊息傳遞的媒介,用以調控發炎反應、組織再生修復、細胞活化、免疫調節、老化凋亡等作用;在各種體液中皆能發現其蹤跡。因此,外泌體所攜帶的RNA在生物醫學領域受到愈來愈多的關注,但是外泌體RNA萃取有著許多挑戰需要克服,今天來介紹關於外泌體RNA萃取的方法,主要分為二步驟:外泌體的分離純化及外泌體RNA萃取。
外泌體在樣本中的含量很低,因此自樣本中分離出高含量及高純度的外泌體是關鍵的步驟,一般使用的分離方式有以下幾種:
1. 超高速離心法- 利用密度梯度差異來分離,耗時且設備昂貴
2. 共降沉澱法- 使用PEG高分子聚合物,但雜質也會一起沉澱,造成純度不佳
3. 磁珠法- 磁珠也會與細胞碎屑結合,形成干擾
4. 抗體法- 只能得到帶有特定抗體的外泌體
5. 分子篩層析法(SEC; Size Exclusion Chromatography)- 依照分子的大小尺寸進行分離,是目前最多試劑採用的方法。
分離出的外泌體若無立即往下進行RNA萃取,則可以暫時貯存於-80度中,但是要避免反覆解凍。
外泌體RNA萃取的方式主要有二種;
1. 有機萃取法- 使用Trizol來進行RNA萃取,會偏好於片段長和低GC含量的RNA (外泌體RNA大部分為短片段RNA),得到的RNA只有中等純度。
2. 固相管柱萃取法- 外泌體的RNA含量非常少,管柱通常需要使用載體RNA,以協助將目標RNA進行回收。載體RNA通常為不相關的核酸分子,其缺點是在進行最後的功能應用測試研究時是否會對靶細胞造成影響還未知。
經過改良後結合以上二種方式的萃取方法已被廣泛使用,使用碳化矽材質的可旋式管柱、不需要載體RNA、萃取出沒有大小或GC偏差的RNA,並且可以顯著提升RNA的產量及純度。
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