之前已經介紹過關於次世代定序DNA/RNA甲基化分析方法，也瞭解了三代定序Nanopore(奈米孔)的原理，今天來談談Nanopore對於DNA&RNA甲基化偵測的應用。 

在先前文章提到，DNA或RNA甲基化調控許多重要的遺傳基因表現，舉凡從癌症到生長發育過程的許多疾病，都與異常的甲基化模式密切相關。(例如：5-甲基胞嘧啶(5mc)修飾的核苷酸，就是一種重要的轉錄因子)。 

在過去的實驗，往往必須透過Bisulfite sequencing的方式去偵測單一鹼基位置DNA或RNA的甲基化，然而，DNA或RNA的二級和三級結構可能會影響bisulfite轉換的過程，進而影響甲基化程度的判斷，導致甲基化表現有可能被錯估。 

Nanopore測序平台是直接針對樣本片段定序，如先前文章介紹，當DNA或RNA序列通過Nanopore 奈米孔時，系統會紀錄不同序列通過時的電流變化，甲基化的鹼基與一般的鹼基通過Nanopore 奈米孔時電流變化會有些微差異，由此來檢測序列是否有鹼基修飾的現象。所以，測序樣本無需再進行額外的bisulfite製備，樣本也不需要PCR放大、擴增，就可以識別出甲基化鹼基的位置與修飾型態。

另外，Nanopore測序平台沒有序列GC的偏倚，更容易獲得一致的測序深度，還可以識別出傳統甲基化測序方法、技術無法識別的基因組區域，取代了傳統bisulfite轉換的甲基化檢測。若搭配後端多元的生物資訊分析，更可提供更客觀與精確的結果。

欲知關於Nanopore甲基化數據分析的內容，

請見下回分曉~~

#Nanopore-Sequencing

#DNA/RNA甲基化-Sequencing

#源資國際生物科技股份有限公司

#TriIBiotech