之前已經介紹過關於次世代定序DNA/RNA甲基化分析方法,也瞭解了三代定序Nanopore(奈米孔)的原理,今天來談談Nanopore對於DNA&RNA甲基化偵測的應用。
在先前文章提到,DNA或RNA甲基化調控許多重要的遺傳基因表現,舉凡從癌症到生長發育過程的許多疾病,都與異常的甲基化模式密切相關。(例如:5-甲基胞嘧啶(5mc)修飾的核苷酸,就是一種重要的轉錄因子)。
在過去的實驗,往往必須透過Bisulfite sequencing的方式去偵測單一鹼基位置DNA或RNA的甲基化,然而,DNA或RNA的二級和三級結構可能會影響bisulfite轉換的過程,進而影響甲基化程度的判斷,導致甲基化表現有可能被錯估。
Nanopore測序平台是直接針對樣本片段定序,如先前文章介紹,當DNA或RNA序列通過Nanopore 奈米孔時,系統會紀錄不同序列通過時的電流變化,甲基化的鹼基與一般的鹼基通過Nanopore 奈米孔時電流變化會有些微差異,由此來檢測序列是否有鹼基修飾的現象。所以,測序樣本無需再進行額外的bisulfite製備,樣本也不需要PCR放大、擴增,就可以識別出甲基化鹼基的位置與修飾型態。
另外,Nanopore測序平台沒有序列GC的偏倚,更容易獲得一致的測序深度,還可以識別出傳統甲基化測序方法、技術無法識別的基因組區域,取代了傳統bisulfite轉換的甲基化檢測。若搭配後端多元的生物資訊分析,更可提供更客觀與精確的結果。
欲知關於Nanopore甲基化數據分析的內容,
請見下回分曉~~
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