Oligo合成目前是採用固相合成法(Solid phase synthesis)，化學合成之Oligo是由3'端往5'端方向合成。固相載體為CPG (ControlledPore Glass)或Polystyrene，並帶有第一個鹼基。其步驟依序如下：

Step1(Deblocking)：脫去附加在CPG 載體上的第一個鹼基5'-OH 基團上的保護基（DMTr)，預備加入下一個新的鹼基。

Step2(Activation &Coupling)：活化新的鹼基單體(Phosphoramidite)，並與前一個鹼基進生偶合反應。

Step3(Capping)：將偶合失敗的鹼基5'-OH 加帽封死(Capping)，使其不再進一步參與反應。

Step4(Oxidation)：將不穩定的亞磷酸酯氧化成更穩定的核苷磷酸酯(即將三價磷氧化成五價磷)。

重複進行 Step1～Step4的步驟，直到合成完所需的Oligo DNA 序列。

合成結束後，使用高濃度氨水將 Oligo DNA 分子從CPG 上切下，再進行下一步的純化。

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