萃取基因組DNA（genomeDNA,gDNA）的方法有很多種，常見的有：試劑萃取（Reagents Purification）、管柱萃取(Column Purification）以及磁珠萃取(Magnetic separation)，gDNA的樣本形式也非常多元，如血液、細菌、酵母、糞便、組織等。

1.      試劑萃取:因溶劑的不同，因此萃取方式分為有機溶劑及非有機溶劑 。

有機溶劑萃取：主要利用酚類化合物 (Phenol)及氯仿 (Chloroform)將細胞打破(lysis) ，再經由高速離心使細胞溶液分層，主要分三層(水層、蛋白質及有機溶液層)，DNA不溶於有機溶劑且具親水性，因此將DNA從水層抽出，以酒精(ethanol)或異丙醇(isopropanol)清洗沉澱，最後用緩衝液(elute buffer)回溶可得到DNA。

非有機萃取：此方法與現在普遍常用管柱法較為相似，先使用陰離子界面活性劑（detergent）將細胞打破，使蛋白質變性，以抑制DNase的活性，再加入蛋白酶（proteinase K）讓DNA中的蛋白質降解，接著加入鹽類（NaCl），再以酒精(ethanol)或異丙醇(isopropanol)清洗沉澱，收取DNA並使用70%酒精去除鹽類，最後用緩衝液回溶可得到DNA。

2.    管柱萃取: 前置步驟與非有機溶劑萃取相同，將已加入蛋白酶步驟後的混合物倒入Column  中，DNA會吸附於濾膜上，接著透過wash buffer、乙醇將DNA以外的雜質去除，最後再以緩衝液收集DNA。利用濾膜(silica gel membrane)作為DNA的特異性吸附材料，透過鹽類及pH值來調整對核酸的吸附能力，具有操作簡單、回收率高及性能穩定的特點。

3.      磁珠萃取:原理主要為磁珠表面覆蓋一層可以吸附DNA的矽，將磁珠與欲純化的樣本混合後，利用pH值及離子濃度的不同，來調控磁珠上矽對DNA的吸附能力，在磁珠吸附核酸後，將雜質清洗乾淨，再透過緩衝液讓DNA與磁珠分開，達到DNA純化。

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