單細胞的研究在近十年來為重要的發展趨勢，藉由研究單細胞以觀察個體細胞之間的變化，探討細胞彼此之間及對於環境的反應，單細胞分析可用來了解細胞的特徵及與其他細胞互動的行為，於是從整個組織或細胞樣本中分離出單個細胞成了最初且最主要的挑戰，單細胞分離可透過多種方式達成，以下我們來介紹目前單細胞分離時常使用的技術及方法：

1.       序列稀釋法：

利用將細胞懸浮液進行序列稀釋後達到培養盤的每個微孔中只有單一個細胞，是常用來挑選單株(single clone)細胞的傳統方法。

優點：操作簡單、成本低

缺點：依賴梯度計算，容易有誤差，分離效率低

2.       顯微操作法：

利用在顯微鏡下操作，以手動或自動的方式直接獲取特定細胞的方法，常用於分離胚胎細胞。

優點：簡單快速，可以準確控制單細胞的吸取及釋放

缺點：手動方式須仰賴專業技術，一次只能處理少量細胞

3.       雷射捕獲顯微切割技術 (LCM, Laser capture microdissection)：

在顯微鏡下使用雷射光束切割組織中選取標示的區域藉此分離細胞，通常用於分離冷凍或石蠟包埋組織切片中的細胞。

優點：從完整組織中快速解離細胞，可保留细胞的RNA完整性

缺點：成本高；需要高度技巧；細胞有時會受損；相鄰細胞容易汙染

4.       磁珠激活細胞分選技術 (MACS, Magnetic-activated cell sorting)：

利用磁珠與目標細胞上特定蛋白質相結合的特性分離出特定細胞群。

優點：特異性高、CP值高

缺點：低通量；使用上較受限制，只能將細胞分離成二群(positive 及 negative)

5.       流式細胞螢光分選技術 (FACS, Fluorescence-activated cell sorting)：

使用螢光抗體將樣本中的特定細胞進行標定後，樣本通過流式細胞儀可分離出帶有特定螢光的標的細胞，是目前被廣泛使用於細胞分選的方法。

優點：高通量、準確性高、速度快、可搭配多種螢光分離多種細胞

缺點：需要大量細胞數的樣本；快速流動容易造成細胞損傷

6.       微流體技術 (Microfluidics)：

利用細胞樣本通過微流體通道來進行單細胞分離，此方法是基於细胞的固有物理特性以達到細胞分離的目的，如：細胞大小、形狀、密度、可變形性、電極化率/阻抗和其他流體動力學特性等，目前在臨床診斷中有廣泛的應用。

優點：高通量、快速、僅需少量樣本、高特異性、高靈敏度

缺點：成本較昂貴；樣本細胞大小必須均勻

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