源資生物科技核酸實驗室目前主要採用分子生物學方法進行菌種鑑定，並已通過TAF17025認證。藉由建立以下標準作業流程，並針對流程中的查核點進行管控，提供技術人員在實驗操作上維持菌種鑑定之品質 。

收取檢體，進行樣本與專案單的核對

•  樣本的sample type(菌盤或菌夜)
•  樣本及引子名稱、數量
•  樣本狀態，是否有菌落形成
•  如有不符合上述任一項，需通知客戶(取消或重送樣本)

DNA萃取，使用DNA粗萃試劑kaneka Easy DNA Extraction Kit version 2 (詳細見先前po文) ，快速萃取出細菌/真菌的gDNA(genome DNA) 。

•  快萃試劑的查核方式為原廠提供之成分分析檢驗報告(COA)
•  若DNA低於10 ng/µl，則須重新萃取 

目標序列擴增，使用目標基因(16S/ITS)之引子進行PCR、純化、定量。

•  PCR預期產物的大小
•  Negative control沒有任何產物
•  若無預期大小之產物則須重新PCR或通知客戶確認樣本
•  若Negative control有產物，則須換新可能污染的材料再次進行PCR

分析鑑定，客戶所委託之以完成定序之序列樣本

•  Assmble Sequences序列的完整及方向性
•  菌種鑑定相似度需 >97%，未符合其結果僅供參考
•  Assmble Sequences兩端序列無法合併時，以Multiple Sequences做為結果 

試驗報告，鑑定結果核發TAF logo菌種鑑定報告，須確保試驗報告一制性與完整性。

•  確認鑑定結果之菌種是否在TAF認證之菌種範圍內，若符合才有TAF logo認證章
•  若試驗報告有錯誤時，依修改原則，以原試驗報告編號加上R1，R2，….  

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