基因合成相較於傳統基因選殖具有以下優點，因此在許多研究與應用上較為優勢；

例如 : 不需有DNA模板、不受限於複雜或長片段基因序列、不會因PCR 的錯誤率而導致基因序列錯誤、不會因為序列本身對於宿主具有致死作用而難以獲得。

目前應用的領域包括DNA/RNA疫苗的合成與設計、製造與設計重組蛋白或抗體、人類疾病致病機轉、動植物抗病應用、篩選特定基因或蛋白用於藥物研究與開發、基因治療載體設計等。

2019年covid-19 於全球爆發初期，瑞士科學團隊即以基因合成方式，

在實驗室尚未取得實體病毒樣本的情況下將病毒序列合成出來，

加速了致病機制研究與藥物、疫苗的研發。

[References: Hessel, A., Lee , S. yup, & أعرض هذا باللغة العربية. (2020, November 10). Whole-Genome Synthesis Will Transform Cell Engineering. SCIENTIFIC AMERICAN. & Song, L., Deng, Z., Gong, Z., Li, L., & Li, B. (2021, June 21). Large-Scale de Novo Oligonucleotide Synthesis for Whole-Genome Synthesis and Data Storage: Challenges and Opportunities. FRONTIERSIN.]

基因合成由於不受限於複雜序列、且能夠透過優化密碼子提高目標物質表現量，

使其能夠將微生物(生產載體)轉變為生產工廠，

除了大量生產藥物外，未來也可能利用微生物處理廢棄物或生產燃料。

基因合成技術有許多應用的可能性，因為能夠使合成與生產特定物質變得更加容易，

但也有潛在的風險，

例如是否會讓生產載體(細菌或細胞)產生不可預期之變異，或被濫用於生產毒素等議題，仍值得探討。

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