微生物廣泛存在於人體、土壤、水體、食品及各類環境中，對生態平衡、人體健康、食品安全與工業製程具有重要影響。隨著分子生物學與基因定序技術持續進步，研究人員已能透過DNA定序方式去分析微生物的組成與多樣性，不再完全依賴傳統的培養方法。傳統微生物培養技術雖然已成熟，但部分微生物仍難以在實驗室條件下培養，且培養結果可能無法完整反映樣本中的微生物群落。因此，次世代定序 (Next-Generation Sequencing, NGS)逐漸成為微生物鑑定與群落分析的重要工具。其中，Oxford Nanopore Technologies (ONT)推出的Microbial Amplicon Barcoding Kit 24 V14，是一套結合標的基因PCR擴增、樣本條碼標記與奈米孔定序的微生物分析方案。此技術可針對細菌相關的16S rRNA基因及真菌的ITS 全區域進行全長定序，提供研究人員分析微生物的組成，並應用於環境監測、微生物的生態研究、食品品質管理及生物製程等領域。

       ✨ 奈米孔定序技術 (Nanopore Sequencing)

        奈米孔定序是一種以單分子核酸通過奈米尺度孔洞時所產生的電流訊號變化為基礎的定序技術。當DNA分子通過奈米孔時，不同的核苷酸組合會造成可辨識的電流訊號差異，系統再利用訊號分析與鹼基辨識演算法，將訊號轉換為DNA 序列。相較於部分以短片段讀取為主的定序平台，Nanopore技術最大的特色是能直接取得較長的DNA序列，並可在定序過程中持續產生資料或中斷。對於微生物分類而言，較長的讀序有助於保留更多標的基因的序列資訊，提升部分相近的微生物分類辨識能力。

✨ 16S rRNA基因 (細菌)與 ITS區域 (真菌)分析

         Microbial Amplicon Barcoding Kit主要針對這兩類常用的微生物標記區域：

        📌 16S rRNA基因：細菌與古菌相關分析

16S rRNA基因存在於原核生物中，具有相對保守與可變的序列區域，因此常被用於細菌及古菌的分類鑑定與群落分析。透過分析其全長序列，研究人員可以取得比部分短區段分析更完整的分類資訊，尤其有助於部分相近菌群的區分。

      📌  ITS 區域：真菌分析

ITS (Internal Transcribed Spacer，內轉錄間隔區)是常用於真菌分類與鑑定的分子標記。不同真菌類群之間的ITS序列具有差異，因此可用於真菌群落組成分析、真菌多樣性研究調查。

           Microbial Amplicon Barcoding Kit的標準操作流程可分為以下五個主要步驟:

1. 樣本採集與 DNA萃取

2. 標的基因PCR擴增

3. 樣本條碼標記 (Barcoding)

4. 奈米孔定序

5. 生物資訊分析與微生物分類

#16S 

#ITS

#NGS

#Nanopore