外源基因插入位點分析 (Transgene Integration Site Analysis, TISA)，是用來精準定位外源基因 (transgene)在宿主host基因體組中插入位置的一種分析技術。這項分析在基因治療、基因轉殖動植物 (transgenic animal/plant)、細胞治療以及細胞株建立研究中都非常重要。

✨ 基因治療：

    確認整合的位置與數量是否安全、監測是否有可能導致異常細胞增殖。

✨ 基因轉殖動植物：

    確認外源基因插入位置是否符合研究需求、判斷是否影響原有基因功能。

✨ 細胞治療：

    分析病毒載體整合的位置、作為製程品質控制與安全性評估的一部分。

✨ 細胞株建立：

     確認表達細胞株中的外源基因整合位點、驗證不同細胞株之間一致性。

         當利用病毒載體或其他方法將外源基因導入細胞時，外源基因通常會插入宿主 DNA的特定位置。不同的插入位置可能造成不同的影響，比如：

1. 外源基因是否成功整合：確認基因已真正整合到染色體，而不是暫時存在。

2. 確認插入位置：判斷外源基因位於哪一條染色體，找出精確的基因組座標 (genomic coordinates)。

3. 評估安全性：如果插入到重要基因附近，可能影響正常基因功能。若插入癌基因 (oncogene)附近，可能增加癌化風險 (稱為 insertional mutagenesis，插入突變)。

4. 分析插入數量 (Copy Number)：判斷插入了一個還是多個外源基因。

       目前常見用於細胞外源基因插入位點的實驗方法包括：

📌  LAM-PCR (Linear Amplification-Mediated PCR)：

       傳統且經典的方法，用於擴增外源基因與宿主DNA的交界處，再進行定序。

📌  Whole Genome Sequencing (全基因組定序)：

1. NGS (Next-Generation Sequencing，次世代定序)：

       最常用的方法，可大量、高解析度地分析插入位點。缺點是定序讀長太短，無法提供精確的定位，尤其是在長段重複序列區域無法定位。​

2. 第三代定序 (Long Reads Sequencing)：

       適合全面分析所有插入位置。尤其是 Oxford Nanopore Technologies近年已成為 Transgene Integration Site Analysis (TISA) 的主流重要工具。ONT相較於傳統 NGS短讀長定序，ONT最大的優勢是長讀長 (long reads)，能夠一次跨越外源基因與宿主基因組的交界 (junction)；另外，ONT可針對外源基因與宿主DNA的接合區域去定序，以提高定序、實驗分析效率，因此可更容易解析複雜的插入實驗。 

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