瓊脂糖凝膠電泳 (Agarose Gel Electrophoresis)是分子生物學中分離 DNA 或 RNA 片段的核心技術。其原理是利用核酸分子帶負電的特性，在電場中向正極移動，由於分子大小差異，通過凝膠網狀孔徑時，大分子速率慢小分子速率快，分出差異。

一、 凝膠製備 (Gel Preparation)

1. 選擇濃度：根據目標片段大小決定瓊脂糖濃度，通常介於 0.7% 至 2.0% 之間。

2. 高濃度 (如 2.0%)：適合分離較小片段。

3. 低濃度 (如 0.8%)：適合分離較大片段。

2. 配置溶液：稱取適量瓊脂糖粉末，加入電泳緩衝液 (如TAE或TBE)。

3. 注意：不可用水代替緩衝液，否則凝膠會在電泳時融化。

3. 加熱溶解：使用微波爐加熱，每隔30-60秒取出搖勻，直到溶液完全透明無顆粒。

4. 注膠凝固：待膠液冷卻至約 50–60°C (不燙手)時，加入核酸染料 (如 EtBr 或安全染料)並混勻。將膠液倒入模具中插上尺梳，靜置 20–30 分鐘 待其完全凝固。

二、 跑膠流程 (Running the Gel)

1. 上樣準備：

2. 將凝膠放入電泳槽，倒入緩衝液使其完全淹沒膠體。

3. 小心拔出尺梳，形成上樣孔。

4. 將 DNA 樣品與 Loading Buffer (含指示染料如 bromophenol blue 和增重劑如甘油)按比例混合，以增加樣本密度並追蹤電泳進度。

2. 加樣 (Loading Samples)：利用微量吸管將樣品和 DNA Marker (分子量標誌)小心加入孔中緩慢注入孔中。

3. 設定電壓：連接電源，注意 「黑負紅正」，DNA會由負極 (黑)向正極 (紅)移動。

4. 建議電壓通常為 80V–150V。

4. 停止電泳：當追蹤染料移動至凝膠底部約 1.5–2 公分處時，關閉電源。

三、 結果觀察 (Visualization)

1. 成像：將凝膠置於紫外透射儀 (UV Transilluminator)或藍光透視儀下觀察條帶。

2. 判讀：片段越小，跑得越快、位置越靠下方。透過對比 DNA Marker 的位置可估算樣品的大小。

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