RNA甲基化 (RNA Methylation)是指RNA分子被修飾加入甲基的生化過程，比較常見的為RNA m6A (N6-methyladenosine)的修飾。RNA甲基化在細胞內扮演關鍵角色。例如異常的m6A甲基化被證實會促進癌症腫瘤的增值與轉移。此外，m6A也具有調節免疫細胞的活化作用。 

        面對如此微細且動態的修飾，傳統的偵測手段往往顯得力不從心。過去，我們必須依賴抗體捕捉或複雜的化學處理，且過程中不可避免地需要經過反轉錄或 PCR 擴增，這不僅會遺失最原始的修飾資訊，更可能引入人為的偏差。目前Nanopore 直接RNA定序技術 (Direct RNA Sequencing)，可以不經過PCR擴增或者反轉錄的情況下，進行RNA定序，並偵測RNA甲基化等修飾。 

        透過Nanopore原廠主推的Basecaller軟體Dorado進行處理，可在定序RNA同時直接辦識常見的修飾 (m6A或Nm)。之後先使用 minimap2 將這些長片段序列比對回參考基因組或轉錄組，為每一條攜帶修飾資訊的序列找到其在參考序列上的座標。再使用原廠推薦的 modkit 分析軟體，可以快速提取BAM檔案中的修飾的資訊，並計算位點被甲基化的百分比。最後藉由edgeR進行差異甲基化分析 (Differential Methylation Analysis)，以便找到異常的位點。

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