qPCR (Quantitative PCR)常用於基因表現量分析、病原體檢測、拷貝數變異分析、罕見突變檢測、SNP基因分型、微陣列數據驗證及NGS文庫定量等，是一項高度靈敏且可靠的核酸檢測和定量的成熟技術。然而對於如拷貝數變異分析或罕見突變檢測等應用而言，qPCR在準確性和靈敏性仍受到侷限，因此發展出dPCR (Digital PCR)的方法，可以檢測出以10%精確度表示的微小倍數變化以及<1%的突變率。

        qPCR與dPCR的差異在於核酸定量方式。qPCR在擴增過程中收集訊號，並利用標準曲線計算樣本中的核酸含量。dPCR則是將樣本微分化 (Partitioning)為成千上萬個反應分區，在PCR反應結束時收集數據 (Imaging)，並使用統計公式卜瓦松分布 (Poisson distribution)計算出每個反應中的絕對分子數量。

        因此，可以歸納出qPCR與dPCR的差異點：

qPCR (Quantitative PCR):

• 可進行絕對或相對定量，但需要標準曲線或參考品

• 每個擴增反應循環均檢測訊號

• 因在指數擴增反應時偵測訊號，故容易受PCR效率變化影響

• 容易受樣本中的PCR抑制劑影響

• 可檢測>1%的突變率

dPCR (Digital PCR):

• 不需要標準曲線或參考品的絕對定量

• 樣本需先進行微分化，故對PCR抑制劑有較高的耐受性

• PCR循環反應結束後才進行訊號偵測

• 不受PCR擴增效率變化影響

• 可檢測≥0.1%的突變率

        目前qPCR技術發展已相當成熟，並且被廣泛使用；dPCR雖然準確度較高，但是成本也相對昂貴。dPCR前端的實驗設計原則與製備與qPCR相同，並且能夠直接相互轉換，因此能夠先以qPCR進行條件優化，再轉至dPCR平台，以確保實驗順利進行。那麼，究竟該選擇較熟悉的qPCR？還是較精確的dPCR呢？答案是視研究的目的而定，qPCR 適用於需要大動態範圍的應用；而dPCR適用於需要更高精確度或相對豐度 (fractional abundance)分析的應用上。

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