環境DNA (environmental DNA；eDNA)是指從環境樣本中萃取來自生物的遺傳物質DNA（例如細胞碎片、黏液、排泄物等）。其中可能來自活體、死亡、或是脫落後的細胞。利用環境DNA可以在不直接捕獲或觀察生物體的情況下，偵測該地區存在的物種或族群。

        進行環境DNA研究時，一般會選用兩種方式進行分析：

    1.針對特定基因區域進行DNA定序。定序所獲得的數據先依照原本PCR放大的片段大小進行處理，如果片段較大的話需要先進行Merge的步驟；如果片段較小的話可以直接使用單邊的序列進行後續分析。而依照不同的分析方法Operational taxonomic unit (OTU)或是Amplicon sequence variants (ASV)，將相似的序列進行整合以獲得環境DNA的maker gene序列。

      2.針對全部DNA進行定序，定序數據可以先進行序列的組裝，並將相同物種組成一個分群(Bin)後再針對資料庫(NCBI)進行比對，此方式對於相近的物種的判定靈敏度會比較低些；或是使用第三代定序方法獲得較長的序列資料，直接將序列進行比對，且可以減少組裝的時間，但需處理較高錯誤率，並可能需要更多DNA input與錯誤校正步驟。

    兩種分析方法最後都需將比對到的資料庫訊息，再進行不同層次的分類學分析，並產出物種的豐富度及物種組成差異等指標。

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