先前我們介紹了Whole genome metagenomics的原理及方法，

今天繼續這個主題來討論Whole genome metagenomics的後續應用。

當NGS完成後得到的大量定序結果及數據，

可以選擇之前在【細菌WGS】中所說明的De-novo assembly組裝或Reference mapping的方法來進行分析，

經由這些龐大數據的分析整理提取出有用的生物資訊，例如：

-基因預測(gene prediction)

-物種多樣性(diversity)

-比較總體基因體(comparative metagenomics)

-種源發生的建構(phylogenetic tree)

-生物標誌的辨識(biomarker)

最後則是將這些生物訊息應用於改善環境與維護人類健康為最終目標，

*醫學方面：

例如以Whole genome metagenomics研究發現幽門螺旋桿菌與胃炎及胃潰瘍之間有關連性；

另外，目前研究普遍也認為糖尿病、過敏反應、失智症......與腸道總體基因體有關。

*生態及環境方面：

監測微生物對生態系統的影響，以及發展清理污染環境的策略，

例如：汙水處理、垃圾處理等。

*生物燃料方面：

微生物也是產生各種生物能源的來源，其中包括甲烷和氫氣；

Whole genome metagenomics可以用在有效篩選適合應用在生物燃料生產工業上的酵素上。

*農業方面：

微生物群落參與了許多對植物生長為必需的生態系統，

包括固定大氣中的氮，養分循環，抑制疾病，保存鐵和其他金屬等。

藉由Whole genome metagenomics的方法了解未經耕種的、或是很少氮循環的群落菌種，

可以有助於了解土壤中微生物與植物間的交互作用，改善農作物的健康。

例如：有機肥料、生物農藥等。

*水產養殖方面：

比較野生個體及養殖個體之腸道內共生微生物種類的差異，

或從水生生物腸道內尋找可供改善水質及養殖環境、分解有毒物質之共生微生物。

例如：飼料添加劑及水質優化。

*蟲媒病毒監測：

可以用來監測由蚊子或其他昆蟲所傳播的病原體的多樣性和生態。

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