細胞株鑑定 (Cell Line Authentication)是指對於應用於科學研究及藥物開發的模式細胞株進行鑑定。因為若是在研究過程中使用了錯誤或交叉汙染的細胞株將導致研究結論錯誤、結果無再現性或是臨床上的細胞治療出現嚴重性後果等問題，因此近年來許多期刊要求投稿者須對細胞株進行鑑定，以確保實驗結果的可信度。

        目前STR (Short Tandem Repeat,短片段重複序列)基因分型技術為細胞株身分鑑定最準確有效的方法，也被ATCC (American Type Culture Collection)及ICLAC (The International Cell Line Authentication Committee)等權威機構認定為細胞株鑑定的標準。STR是在基因組中2~7個鹼基對的重複序列所組成，不同個體在這些區域中的重複次數可能不同，因此被稱為細胞的DNA指紋。

        鑑定方法首先須從無汙染的對數期(Log Phase)生長細胞株萃取DNA，接著利用帶有螢光的引子以PCR方式擴增特定STR區域，PCR產物經毛細管電泳分離後透過螢光訊號的檢測可以辨識出不同長度的等位基因 (Allele)，透過計算得到STR分型結果與細胞STR資料庫 (如：ATCC, ICLAC, DSMZ, JCRB…等)進行比對，可以得知樣品細胞株或是發生交叉汙染的細胞其真實身分。

        除了投稿期刊被要求需要對細胞株驗明正身外，建議有些情況下最好也進行細胞株鑑定：

(1)    當實驗室使用超過一種細胞株時，所有細胞株最好先經過鑑定以排除交叉汙染的可能

(2)    當細胞株實驗再現性不穩定時

(3)    在細胞株進行冷凍保存前，或細胞已連續培養2~3個月時

(4)    當建立或是獲得一個新細胞株時

(5)    新的實驗計畫的開始及結束時

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