tRNA定序可用於比較不同實驗處理條件下tRNA的序列豐度、研究tRNA序列上的化學修飾對細胞功能的影響,以及在醫學上開發新的生物標誌物等功能。
tRNA定序試劑組nano-tRNAseq Kit是由Immagina Biotechnology所開發,以Oxford Nanopore第三代定序方式測定tRNA全長序列的試劑組。採用此試劑結合定序方式能夠直接得到tRNA的表達量,更能夠看到tRNA序列上的化學修飾 (如假尿苷、甲基化)的資訊,從而深入解析 tRNA在細胞中所扮演的角色。
若採用Illumina次世代定序平台進行tRNA定序,只能以cDNA為模板的方式進行,雖然這樣的流程對高通量分析與大樣本數來說很有利,但這些tRNA樣本需進行反轉錄與PCR擴增,會造成資訊缺失或偏差,且無法直接辨識序列的化學修飾等問題。所以相較之下,Nanopore能提供全長、原始型態的tRNA序列,不需要進行 PCR擴增、片段化或去修飾,保留序列與修飾資訊的完整性。
實驗流程上,nano-tRNAseq Kit首先需要從total RNA中濃縮出的tRNA,並且去除tRNA 3’端上的核苷酸,之後接上kit所提供的adaptor與barcode做樣本辨識,此套組支援最多6個樣本barcode混合分析。之後進行反轉錄步驟,生成RNA:cDNA 雙股產物,這樣的結構可以讓RNA更穩定地進入nanopore,提升定序時的通過率與訊號品質。
以nano-tRNAseq Kit搭配nanopore方式定序讓我們可以在不犧牲天然修飾訊息的情況下,完整捕捉 tRNA的豐富度與修飾特徵,是研究tRNA中非常實用的方式。想要更深入探索細胞中這些tRNA所扮演的角色嗎?可參考使用nano-tRNAseq kit。
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Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing Service
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