微生物是環境中的關鍵角色之一，也是生態系統中重要的一環，

了解微生物群落多樣性是目前大家十分感興趣的課題。

之前介紹過總體基因體學(metagenomics)是指環境中所有生物遺傳物質的總和，

今天要來介紹另一個metagenomics的NGS應用-- whole genome metagenomics

之前提過的16S metagenomics是只針對特定的區域(16S rDNA)進行定序，

只提供細菌微生物群落分類組成的資訊，適用於想了解物種的分布及多樣性的研究上使用

Whole genome metagenomics則是針對樣本中所有的微生物遺傳物質(DNA)進行定序，

適用於深入探討環境微生物之種類分布、生化代謝功能分析、物種與功能的協同作用(synergy)，

方法是將樣本中的所有DNA萃取出來後，

以酵素剪切或物理性碎裂成小片段後進行建庫(Illumina/Ion Torrent)上機；

或是直接建庫後使用Oxford Nanopore或PacBio平台進行上機，

下面為大家整理出whole genome metagenomics的優缺點，

可以更清楚了解whole genome metagenomics的方法特性喔！

優點：

-       具有較高的解析度，可以辨識到種或菌株的物種層級

-       可提供基因功能信息

-       質體(plasmid) DNA也能定序到

-       細菌以外的物種也能辨識到，如：病毒、古細菌、真菌、藻類......

-       沒有PCR產生偏差(bias)的問題

  缺點：

-       定序成本較高

-       容易受宿主DNA干擾

-       定序結果分析的困難度較高

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