Oligonucleotides是一種短鏈的單股DNA或RNA，可以應用在科學研究或臨床應用上，包括分子生物學、次世代定序或是新型療法的開發。近年來有研究指出，經修飾後的Oligonucleotides能提升活性、穩定性與結合的親和力。其中修飾又分為合成中添加與合成後再修飾，而合成中添加的方式有以下幾種：

1.  特殊鹼基 Deoxyinosine (dI) 

Deoxyinosine (dI) 作為鹼基的前驅物，能與4個鹼基中任何一個形成鍵結，且相對穩定，常作為通用 (universal)鹼基進行配對。然而dI與天然鹼基的結合效果均不相同，同時也會受到相鄰鹼基的影響，因此當在特定序列使用dI為替代鹼基時，可能讓合成效率或實驗結果發生偏差。

2. 特殊鹼基 Deoxyuridine (dU)

Deoxyuridine (dU) 可以增加雙鏈的熔點溫度，進而提高穩定性。也可以用來取代thymidine (T)，用於DNA損傷與修復的研究。 

3. 生物素 (Biotin)

Biotin與鏈黴親合素 (Streptoavidin)具有高親和性，常用於各種hybridization的實驗與診斷。而Biotin也可以作為Oligo活性的開關：PC Biotin是一種經UV照射後，可被切除的Biotin分子，切除後可保留5’端的磷酸根，可用來控制特定空間與時間下的生物反應。另外，經Biotin標記的Oligo(dT)可用於mRNA的分離，Oligo(dT)可以與大部分真核生物mRNA中攜帶的polyA結構結合，將mRNA分離出來，再透過Biotin與鏈黴親合素的高親和性，使其作為檢測和純化定量mRNA的重要工具。 

4. 硫取代修飾 (Phosphorothioate)

在合成中加入硫轉化試劑(sulfur transfer reagent(Beaucage reagent 與DDTT ))使得引子兩個鹼基間的磷酸二酯鍵其中的一個氧被硫取代，可以保護該引子不被核酸水解酶分解，可提高引子的穩定度並延長作用時間。

於合成中添加的修飾方式與合成後修飾不同的是，只需將所需藥劑備好，調整好機器參數，即可依賴機器自動合成，較為方便，但是這些經合成修飾後的Oligo穩定性較差且合成效率低，最後得到的產物量會低於一般合成，通常需要用PAGE或是HPLC進行純化，純化過程的損耗也相對大，在價格上也高出許多。

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