高通量測序技術應用於病毒傳染病診斷領域的優勢，在於能以更高的靈敏度檢測出病原體，同時獲得其基因組的資訊。Nanopore測序技術相較於其他高通量測序平臺，所需設備及試劑耗材非常便於攜帶，並且在測序過程中即可立即分析數據。在有限的環境資源和條件下，此技術可應對病毒疫情的爆發及病毒基因組的監測。目前Nanopore測序技術對於病毒基因組主要方法有PCR Amplicon測序、metagenomic測序等。可根據不同的臨床樣本及測序目的，選擇不同的方法對病毒基因組進行放大或聚集。         

Nanopore測序技術在病毒基因組研究的應用，有幾個特點：

1. 可以直接對各類形式的RNA進行測序，包括剪接變異體等結構複雜的RNA，並且當RNA濃度足夠時可達到97%~99%的一致性。
2. 具長片段讀長，在組裝、解決複雜區域 (如重複序列)及確定全長RNA分子方面，也被認為更適宜用於病毒轉錄組的研究。在病毒大流行期間，可以利用平台直接分析樣品，對病毒亞型、基因重組、病毒致病力及抗病毒藥物敏感性等毒株特徵做出初步判斷。
3. 病毒從RNA提取、反轉錄、文庫製備、上機測序和數據分析，全部過程僅需幾個小時內完成。以腸病毒的分型研究來說：Nanopore測序技術所獲得的測序結果與資料庫分析比對結果顯示，針對P1區域的定型特異性可達98.3%。
4. Nanopore技術讓任何人、在任何地點、都能對任何生物進行測序及分析，以快速獲取時間關鍵的資訊（例如病原體識別）。

對於傳染病的預防控制，快速確定傳染源或病原體，是處理突發事件並有效控制疫情的基礎。而Nanopore測序技術可改善傳統病原體檢測技術所存在的操作複雜、耗費時間、靈敏度不高等問題，具有革命性的突破。

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