【NGS Introduction Series- Nanostring Spatial transcriptomics 】
空間轉錄組學 (Spatial transcriptomics)是基於空間分佈上對每個基因的表現及所處的細胞中進行定量。和10X Genomics analysis system相似，NanoString的空間轉錄組技術除了組織影像分析和原位 (in situ)定量技術，並結合了Illumina測序文庫製備流程和後端的NGS資料分析，藉以獲得精準且高解析度的全轉錄組和蛋白組空間原位表達譜 (Spatial In Situ Expression Profiling)。
GeoMx數位空間分析 (Digital Spatial Profiler , DSP)是NanoString Technologies推出的新一代空間多標靶標記分析系統，結合組織影像分析和測序定量技術，實現人類或小鼠組織切片上多種編碼基因和多種蛋白的定量分析。GeoMx DSP作用原理是使用DSP Oligo標記探針或抗體，和免疫螢光標記抗體 (最多四種螢光標記)，對樣本進行染色、反應，然後成像。再透過顯微掃描獲取的螢光標記圖像，依使用者自行圈選感興趣的區域 (Region of Interest, ROI)，選擇分析區域中多個組織區室或細胞類型來執行空間轉錄組學或空間蛋白質組學。接著利用UV紫外光光解、切斷DNA Oligo與抗體或RNA之間的連結物，從而釋放出DNA Oligo barcode，使用nCounter®分析系統對條碼進行直接數位計數或在Illumina平台上進行測序，計數每個ROI內RNA或蛋白質的表現量。
以下列出GeoMx DSP平台幾個特點：
- 即便是具挑戰性的樣品類型 (包括 FFPE、TMA 和新鮮冷凍樣品)，其RNA品質無受限於DV200>30%要求，在嚴重降解組織中，仍具有不錯靈敏度。
- GeoMx DSP透過任何的感興趣區域靈活策略，可自訂探究感興趣的檢測區域。
- GeoMx DSP可以從單個樣品中單獨分析RNA或蛋白質，或同時分析兩者。另外，可以分析單一的標靶標記，亦可分析多達18000種RNA或570種蛋白質。
- 整個操作過程，對於樣本無直接接觸，樣本無損傷。同一樣本可同時使用於其他實驗。
Nanostring空間轉錄組技術亦相容多種組織樣本型別，例如：石蠟組織切片、組織晶片、新鮮凍存樣本等。成為轉譯醫學及臨床研究中強大有力的工具，讓不同領域 (如腫瘤學、腫瘤免疫、傳染病、免疫性疾病、神經科學、藥物研發等)的研究人員能夠深入探究腫瘤環境、免疫系統作用機制，以及生物標誌開發，開啟生物學研究的全新世代。
Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing Service
1. Nanopore and Illumina offer a complete range of sequencing platforms for long and short sequences.
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