空間轉錄組學是一種能夠研究位於組織內特定區域細胞的基因表現情況。透過特定基因的表現情況，將細胞進行功能型態上的分類，並分析不同分類的細胞坐落於組織上的區域。以此觀察特定細胞跟組織區塊間的關係，以更細緻的方式研究組織細胞組成差異性，並期望能在有關疾病的診斷和治療中獲得寶貴的發現與見解。目前使用最多的是10x Genomics推出的Visium Spatial平台，新鮮組織跟石蠟組織樣本均可以使用。透過儀器捕捉感興趣的病理區域，並經由實驗獲得帶有位置標籤的轉錄組訊息，最後透過定序方式獲得切片上不同位置的轉錄組數據。 

10x Genomic用於文庫構建的玻片上多個區域 (Capture Areas)，每個區域內含有許多的標記點 (Barcode Spots)，每個點中都含有唯一的barcode序列。樣本切片的細胞中會釋放出mRNA，並轉印至每個相對位置的Spots中並標記相對應的barcode序列，然後進行文庫建構與測序。最後根據定序訊息進行分析，以確定數據來自哪個位置，從而實現空間基因表達的結果 (圖一)。 

透過10x Genomics打造的Space Ranger數據分析軟體，能夠進行初步的前期數據分析，也提供了後期使用Seurat的整合數據。進行Space Ranger分析時除了需要定序數據之外，還須提供圖片影像檔、位於Silde玻片上的編碼 (Serial Number)、樣本所在位置訊息 (Capture Areas) (圖二) 及位置探針的注釋訊息等。Space Ranger主要用來處理Visium空間基因表達資料和顯微鏡圖像，將測序數據和圖片作為輸入的資料，輸出表達定量結果，結合配套的loupe軟體將結果的進行視覺化 (圖三)。